大人気アニメ「鋼の錬金術師」TVシリーズのその後を描き、大ヒットを記録した劇場版がいよいよ登場！-禁忌の罪を犯したために大きな代償を払うことになった幼き兄弟、エドワード・エルリックとその弟アルフォンス・エルリック。以来失ったものを取り戻すために、遥かなる冒険の旅に出た兄弟だったが、ついには平行するふたつの世界に離ればなれとなる。西暦1923年、動乱のミュンヘンに飛ばされてしまった兄エドは、弟の面影を持つアルフォンス・ハイデリヒの助けを借りて、ロケット工学の力で故郷へ帰ろうと試みていた。だが、思うように行かず焦燥が募るエド。しかし、理想郷 シャンバラ を求める者たちの暗躍が、思いがけずエドにひとつの道を開く…